醫(yī)院污水中復雜的物質就是病菌，實驗研究每升水中含有數百萬個病原體，有很多醫(yī)院污水中還有放射性物質，對于醫(yī)院水經常先進行消毒預處理，主要就是臭氧消毒。
醫(yī)院污水處理不達標一直是危害環(huán)境的重要因素。經過有關部門長期調查研究顯現醫(yī)院污水處理不徹底主要有下列因素。
1、分類廢水所使用藥劑為了減低成本都是有很強針對性。從而造成各分類廢水處理良好，綜合水還是處理不達標。
2、為水質清澈和降低成本使用大量石灰。但是卻產生大量污泥，往往廢水處理成本中30%---40%是處理污泥所產生。
3、來水PH值變化大，反應池PH控制不穩(wěn)定。PH不穩(wěn)定造成沉淀池渾濁。出水水質也跟著不穩(wěn)定，時好時壞。
4、水處理人員責任心不強，操作不夠細心，不注重細節(jié)。比如：來水有問題，不及時停機進行應急處理。各種儀表、探頭不經常校正清洗。配制藥品濃度不按大型醫(yī)院污水處理工藝要求配制，為了省事，私自把濃度提高。
5、表面醫(yī)院污水二級處理行業(yè)的產品進行表面處理前，必須先經過大量的前醫(yī)院污水一體化處理，這其中使用的除油粉里含有乳化劑，而大量的乳化劑不但影響COD的含量，而且影響沉淀池的礬花絮凝，成泥不理想，致使沉淀不好，大量懸浮物跟隨上層清水流出沉淀池，在PH回調的時候重新溶解進水里，結果造成排放口重金屬離子超標。
那么對與放射性廢水就會用衰減法處理。所以這類型污水要用專門池子統(tǒng)一儲存起來，貯存時間為10倍于半衰期，把放射性濃度降到容許排放的程度。如果放射性污水的濃度很低，水量很小，也可用稀釋法處理。不宜用貯存法和稀釋法處理時，可用蒸發(fā)法、離子交換法或凝聚沉淀法進行分離濃縮處理。