1、無(wú)機(jī)氮類(lèi)化合物
1）主要是游離氨（FA）：游離氨的抑制作用對(duì)2類(lèi)硝化細(xì)菌是不同的,對(duì)亞硝酸菌，F(xiàn) A的抑制質(zhì)量度范圍是10一150 mg / L ,而對(duì)硝酸菌, 這個(gè)范圍僅僅為0.1一1.0 mg / L。
2）游離態(tài)的亞硝酸：在水中亞硝酸根以游離態(tài)和離子態(tài)兩種形式存在。游離態(tài)的亞硝酸是硝化細(xì)菌的主要基質(zhì)，同時(shí)也是亞硝酸鹽氧化菌的抑制劑。游離態(tài)的亞硝酸對(duì)氨氧化細(xì)菌、亞硝酸鹽氧化菌的生長(zhǎng)、繁殖均具有一定的毒性，游離態(tài)的亞硝酸對(duì)亞硝酸細(xì)菌的抑制濃度為0.06 mgN/ L，對(duì)硝酸細(xì)菌也有抑制作用，抑制濃度為2.8mgN/ L。相對(duì)于亞硝化細(xì)菌，硝化細(xì)菌有更強(qiáng)的適應(yīng)性。
2、消毒劑
1）氯酸鹽：開(kāi)始抑制濃度（以氯酸鉀為例）約為0. 001一0. 01mmol/ L （約為0.1225-1.225mg/L）；完全抑制濃度以ClO3-濃度計(jì)為1一10mmo l/ L 時(shí), 硝化菌被完全抑制。
2）亞氯酸鹽：亞氯酸鹽濃度為 3 mmol/ L 時(shí) , 硝酸菌能完全被抑制。
3）（重）金屬類(lèi)
當(dāng)水中受到Cr、Cd、Cu、Zn、Pb、Ag、As等重金屬污染過(guò)高時(shí)，硝化作用會(huì)受到抑制，其原因可能是重金屬對(duì)硝化過(guò)程中的酶活性產(chǎn)生影響，從而影響硝化細(xì)菌的轉(zhuǎn)錄等正常的生理過(guò)程，導(dǎo)致硝化菌硝化效率下降甚至死亡。
有學(xué)者Hg 主要表現(xiàn)為抑制生物大分子如蛋白質(zhì)和核酸的合成, 致突變效應(yīng), 停止細(xì)胞分裂, 抑制生物氧化及運(yùn)動(dòng)性。Pb可造成細(xì)胞膜損傷, 破壞營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)的運(yùn)輸。Cd 致突變效應(yīng), 導(dǎo)致DNA 鏈斷裂。高濃度Mn干擾細(xì)胞對(duì) Mg（Ⅱ）的運(yùn)輸。銅離子螯合巰基，干擾細(xì)胞蛋白質(zhì)或酶的結(jié)合；六價(jià)鉻通過(guò)細(xì)胞膜的硫酸鹽通道進(jìn)入細(xì)胞，細(xì)胞質(zhì)內(nèi)六價(jià)鉻還原成三價(jià)鉻時(shí)產(chǎn)生的氧化應(yīng)激，造成蛋白質(zhì)和 DNA 損傷。部分重金屬對(duì)硝化的抑制作用效果大致如下：EC50：半數(shù)效應(yīng)濃度，引起受試對(duì)象50%個(gè)體產(chǎn)生一種特定效應(yīng)的藥物劑量。
IC50:半數(shù)抑制濃度，一種藥物能將細(xì)胞生長(zhǎng)、病毒復(fù)制等抑制50%所需的濃度。
4、苯酚
苯酚對(duì)硝化有抑制作用 , 該抑制屬非競(jìng)爭(zhēng)性抑制, 是可逆的。苯酚2,4-二氯酚共存時(shí)產(chǎn)生疊加抑制效應(yīng)。多位學(xué)者研究均表明，苯酚對(duì)硝化反應(yīng)的半數(shù)抑制率，即IC50約為20mg/L。
5、硝化抑制劑
在農(nóng)業(yè)上，通常會(huì)在氮肥中施加硝化抑制劑，以抑制肥料中的氮元素硝化損失肥效，這些硝化抑制劑對(duì)硝化過(guò)程均有明顯的抑制作用，主要有：ATC（4-氨基-1,2,4-三唑）、疊氮化鉀、2-氯-6-（三氯甲基）吡啶、2-氨基-4-氯-9-甲基吡啶、磺胺噻唑、雙氰胺、硫脲-N-2，5-二氯苯丁二酰胺、4-氨基-1，2，3-三唑鹽酸鹽、脒基硫脲等。
這些物質(zhì)一般屬于含硫化合物、N雜環(huán)化合物、雙氰胺類(lèi)化合物。這些物質(zhì)由于其本身特殊的化學(xué)結(jié)構(gòu)，在硝化過(guò)程中影響氨單加氧酶(AMO)的氧化過(guò)程，從而會(huì)對(duì)硝化過(guò)程產(chǎn)生影響。在農(nóng)業(yè)上一般使用這些硝化抑制劑時(shí)，投加量約為總氮量的0.1%—1%，就可以對(duì)硝化過(guò)程產(chǎn)生明顯的抑制作用。