從經(jīng)濟(jì)角度看，微生物處理廢水的成本較低；從環(huán)境污染角度看，沒有二次污染，對環(huán)境影響不大；從處理效果看，它不僅可以去除有機(jī)物、病原體和有害物質(zhì)，而且可以去除臭味、提高透明度、降低色度等，處理效果良好。
從這三個(gè)方面詳細(xì)闡述了微生物處理廢水的優(yōu)勢。
（1）微生物菌在廢水處理中的經(jīng)濟(jì)消耗包括微生物生長所需的微生物菌種、營養(yǎng)源(碳源、氮源、磷源)和調(diào)節(jié)廢水PH所需的藥劑；曝氣裝置為微生物提供氧氣源；污水污泥回流裝置、污泥處理裝置等。微生物具有良好的吸附沉降能力，降解能力強(qiáng)，不需要高溫、高壓等苛刻要求，與物理化學(xué)方法處理廢水設(shè)備和長期投加量相比，處理成本相對較低。因此，目前的污水處理方法是通過物理和化學(xué)兩種方法提高廢水的可生化性，然后采用生物法對廢水進(jìn)行聯(lián)合處理。
（2）環(huán)境污染：廢水的微生物處理是將廢水中的污染物最終轉(zhuǎn)化為二氧化碳、氮、水和污泥。二氧化氮、氮和水無毒無害，污泥也可通過污泥消化消化成有機(jī)肥，污泥也可用作建筑材料。這充分說明微生物處理廢水不存在二次污染，對環(huán)境影響不大。
（3）處理效果：微生物處理廢水，將廢水中的有機(jī)物降解為二氧化碳、氮、水和污泥本身，去除有機(jī)物；微生物處理廢水，吸附和吞噬廢水中的病原體；微生物處理廢水，將廢水中的有害物質(zhì)氧化成無毒的位置或吸附在污泥上，去除有害物質(zhì)，通過吸附、降解和沉淀，提高水質(zhì)透明度，降低色度。通過篩選合適的微生物菌株，可以降解廢水中的大部分污染物。
目前生物化學(xué)處理廢水的微生物主要是利用活性污泥、活性污泥對不同的污水進(jìn)行自馴化，以適應(yīng)污水處理的環(huán)境。微生物菌可用于污水處理，可檢測廢水中的污染物種類，篩選出合適的細(xì)菌，并以共生方式處理廢水，針對性強(qiáng)，相應(yīng)的處理效果較好。