補充外碳源是在不改變原有工藝池體結構及各功能區(qū)順序的情況下，針對短期內因水質波動引起碳源不足而提出的應急措施。一般供選擇的碳源可分為 2 類：
1）甲醇、乙醇、葡萄糖和乙酸鈉等有機化合物；
2）可替代有機碳源，如厭氧消化污泥上清液、 木屑、牲畜或家禽糞便及含高碳源的工業(yè)廢水等。相對糖類、纖維素等高碳物質而言，因微生物以低分子碳水化合物（如，甲醇、乙酸鈉等）為碳源進行合成代謝時所需能量較大，使其更傾向于利用此類碳源進行分解代謝，如反硝化等。
任何外碳源的投加都要使系統(tǒng)經歷一定的適應期，方可達到預期的效果。
針對要解決的矛盾主體選擇合適的碳源投加點對系統(tǒng)的穩(wěn)定運行和節(jié)能降耗至關重要。 一般在厭氧區(qū)投加外碳源不僅能改善系統(tǒng)除磷效果，而且可增強系統(tǒng)的反硝化潛能；但是若反硝化碳源嚴重不足致使系統(tǒng) TN 脫除欠佳時， 應優(yōu)先考慮向缺氧區(qū)投加。