因為微生物具有很好的吸附性和沉降性，很強的降解能力，不需要高溫、高壓等苛刻的要求，相比物理化學(xué)方法處理廢水的設(shè)備和長期投加的藥劑比較，處理費相對較低。
微生物菌種處理廢水的優(yōu)勢主要是以下三個方面：
（1）微生物菌種處理廢水經(jīng)濟消耗包括微生物菌種、微生物菌種生長所需的營養(yǎng)源(碳源、氮源、磷源)和調(diào)節(jié)廢水PH所需的藥劑；
（2）為微生物提供氧氣來源的曝氣裝置；污水污泥回流裝置，污泥處置裝置等。 對于環(huán)境污染來說，微生物處理廢水是將廢水中的污染物最終轉(zhuǎn)化成二氧化碳、氮氣、水和污泥。二氧化氮、氮氣和水都是無毒無害的，污泥也能夠通過污泥消解轉(zhuǎn)化為有機肥料，污泥也可以制作建筑材料。充分的表明了微生物處理廢水無二次污染，對環(huán)境影響小。
（3）關(guān)于處理效果，微生物處理廢水，將廢水中的有機物降解轉(zhuǎn)化成二氧化碳、氮氣、水和污泥本身以去除有機物；微生物處理廢水，將廢水中的病原體吸附和吞噬等方式以去除病原體；微生物處理廢水，將廢水中的有害物質(zhì)氧化轉(zhuǎn)化成無毒位置或吸附到污泥上的方式以去除有害物質(zhì)；微生物處理廢水，通過吸附、降解和沉降提高水質(zhì)的透明度和降低色度。篩選出合適的微生物菌種可將廢水中大多數(shù)污染物都降解。