硝化菌的培養(yǎng)相對于異養(yǎng)菌來講比較難，硝化菌的培養(yǎng)過程同時也是污泥的馴化過程。硝化細菌的培養(yǎng)應(yīng)遵循循序漸進、有的放矢、精心控制的原則，出水穩(wěn)定后并逐步增加原水的進水量。每次增加的進水量為設(shè)計進水量的5%~10%，每增加一次應(yīng)穩(wěn)定2-3個周期或2天左右，發(fā)現(xiàn)系統(tǒng)內(nèi)或出水指標上升應(yīng)繼續(xù)維持本次進水量，直至出水指標穩(wěn)定，如出水指標一直上升，應(yīng)暫停進水，待指標恢復(fù)正常后，進水量應(yīng)稍微減少，或略大于上周期進水量。以此類推，最終達到系統(tǒng)設(shè)計符合。根據(jù)影響硝化菌生長的因素來確定硝化菌培養(yǎng)時應(yīng)控制的指標：
01溫度在生物硝化系統(tǒng)中，硝化細菌對溫度的變化非常敏感，在5～35的范圍內(nèi)，硝化菌能進行正常的生理代謝活動。當廢水溫度低于15時，硝化速率會明顯下降，當溫度低于10時已啟動的硝化系統(tǒng)可以勉強維持，硝化速率只有30時的硝化速率的25%。盡管溫度的升高，生物活性增大，硝化速率也升高，但溫度過高將使硝化菌大量死亡，實際運行中要求硝化反應(yīng)溫度低于38。 例如高氨廢水工程的調(diào)試應(yīng)盡量選擇氣溫15度以上的季節(jié)，如果必須在冬季啟動，應(yīng)盡量選用高氨污水廠的菌種，或有保溫、加溫措施的系統(tǒng)。
02.pH值硝化菌對pH值變化非常敏感，最佳pH值是8.0～8.4，在這一最佳pH值條件下，硝化菌最大的硝化速度可達最大值。在硝化菌培養(yǎng)時，如果進水pH值較高，能夠達到8.0左右最好，如果達不到也不應(yīng)刻意追求，只要系統(tǒng)內(nèi)pH值不低于6.5即可，如低于此值，應(yīng)及時補充堿度，如NaOH、Na2CO3等。
03.生物固體平均停留時間（污泥齡）為了使硝化菌群能夠在連續(xù)流反應(yīng)器系統(tǒng)存活，微生物在反應(yīng)器內(nèi)的停留時間（θc）N必須大于自養(yǎng)型硝化菌最小的世代時間（θc）minN，否則硝化菌的流失率將大于凈增率，將使硝化菌從系統(tǒng)中流失殆盡。一般對（θc）N的取值，至少應(yīng)為硝化菌最小世代時間的2倍以上，即安全系數(shù)應(yīng)大于2。
04.重金屬及有毒物質(zhì)有毒物質(zhì)除了重金屬外，對硝化反應(yīng)產(chǎn)生抑制作用的物質(zhì)還有：高濃度氨氮、高濃度硝酸鹽有機物及絡(luò)合陽離子等。
05.COD/BOD 如果系統(tǒng)內(nèi)COD/BOD較高，系統(tǒng)內(nèi)的異養(yǎng)菌就會與硝化菌爭奪溶解氧，由于異養(yǎng)菌的數(shù)量遠遠大于硝化菌，硝化菌常常在系統(tǒng)內(nèi)COD/BOD較高的情況下得不到一定的溶解氧，而無法生長增殖。一般系統(tǒng)內(nèi)BOD（筆者個人傾向于COD）高于20mg/L，就會對硝化菌產(chǎn)生抑制。 如果進水COD/BOD 過高或碳氮比較高，硝化菌的培養(yǎng)就必須通過延時曝氣來實現(xiàn)，即系統(tǒng)內(nèi)COD/BOD 已經(jīng)合格或處于較低水平時，繼續(xù)曝氣，給予硝化菌足夠的生長時間，曝氣時，同樣要控制好溶解氧，盡量低于3mg/L，防止污泥加速老化。
06.溶解氧氧是硝化反應(yīng)過程中的電子受體，反應(yīng)器內(nèi)溶解氧高低，必會影響硝化反應(yīng)得進程。在活性污泥法系統(tǒng)中，大多數(shù)學者認為溶解氧應(yīng)該控制在1.5～2.0mg/L內(nèi)，低于0.5mg/L時硝化反應(yīng)趨于停止。當前，有許多學者認為在低DO（1.5mg/L）下可出現(xiàn)SND（同步硝化反硝化）現(xiàn)象。在DO＞2.0mg/L，溶解氧濃度對硝化過程影響可不予考慮。但DO濃度不宜太高，因為溶解氧過高能夠?qū)е掠袡C物分解過快，從而使微生物缺乏營養(yǎng)，活性污泥易于老化，結(jié)構(gòu)松散。此外溶解氧過高，能量消耗過大，在經(jīng)濟方面也不合適。
07.氨氮濃度 在系統(tǒng)氨氮濃度200mg/L時硝化菌就會被抑制，因此建議系統(tǒng)內(nèi)氨氮濃度不高于150mg/L，在高氨污水處理中，由于進水氨氮濃度高，如果不注意，幾個周期下來氨氮濃度就會升高到一定程度，常常在A池高于200mg/L，因此在硝化菌培養(yǎng)過程中以及正常運行時，應(yīng)始終維持系統(tǒng)出水氨氮濃度在工藝要求指標以內(nèi)，保證從調(diào)試開始，系統(tǒng)即出合格水。
結(jié)合以上幾種因素，在培養(yǎng)硝化菌時，應(yīng)盡量創(chuàng)造其生長的有利條件，制定出最佳方案。